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醋酸奧曲肽注射液的主要不良反應包括局部和胃腸道反應。
局部反應：對醋酸奧曲肽注射液的局部反應包括疼痛或注射部位的針刺、麻刺或燒灼感，可伴有紅腫。這些作用極少持續15分鐘以上，而且可以采取注射前讓藥液達到室溫或減少溶劑用量提高藥物濃度的方法來減輕局部不適。
全身反應：
罕見反應：皮膚過敏反應，暫時性脫發。有過敏反應發生的個別報道。
心血管系統：心動過緩偶有發生。
胃腸道系統：食欲不振、惡心、嘔吐、痙攣性腹痛，腹脹、脹氣、稀便、腹瀉和脂肪痢等。雖然大便中脂肪排出會增多，但并無證據表明長期使用醋酸奧曲肽注射液會造成吸收不良而導致營養不良。罕見病例中，胃腸道副作用可類似急性腸梗阻伴進行性嚴重上腹痛、腹部觸痛、肌緊張和腹脹。盡量延長用藥和吃飯的時間間隔，即在兩餐之間或睡覺前用藥，會減輕胃腸道副反應的發生。
膽囊：長期使用醋酸奧曲肽注射液可能引起膽石形成（參見“注意事項”）。
胰腺：由于醋酸奧曲肽注射液對生長激素，胰高糖素和胰島素分泌的抑制作用，故可能造成血糖調節的紊亂。由于餐后糖耐量受影響，某些長期治療的病人會導致持續的高血糖癥。
低血糖也有發生。
個別病例發生急性胰腺炎。通常在醋酸奧曲肽注射液開始治療的幾個小時或幾天內出現，但會隨著停藥而逐漸消失。長期應用醋酸奧曲肽注射液且發生膽石的病人也可能出現胰腺炎。
肝臟：已有與醋酸奧曲肽注射液治療相關的肝功能不全的個別報道，包括：無膽汁郁積的急性肝炎。停藥后轉氨酶恢復正常；緩慢發生的高膽紅素血癥伴堿性磷酸酶、γ-谷氨酰轉移酶增高和轉氨酶輕度增高。
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