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染色體作為遺傳物質的載體,在細胞中不是隨機分布的。近年來,越來越多的研究開始關注染色體的空結構。大量證據表明,染色體構象與基因表達、DNA復制、DNA損傷修復和基因組穩定性密切相關。
Hi-C是近年來發展起來的研究三維基因組學的利器。它來源于高通量測序技術和染色體構象捕獲技術的結合,用于染色體構象的分析。
然而,由于構建一個高-C庫需要將近一千萬個細胞,這& ldquo遙不可及。數據庫的初始量極大地限制了生殖和腫瘤研究領域中微量樣品的染色質構象分析和研究人員對未知領域的探索。
因此,減少Hi-C數據庫構建的初始量一直是3D基因組學研究者想要解決的難題。
率先減少高-C技術建立數據庫& ldquo閾值& rdquo
最近,3D基因組測序技術的領導者& mdash& mdash安諾基因成功推出10萬細胞級別的Hi-C數據庫,率先實現了Hi-C數據庫低初始量的產業化服務,使Hi-C技術應用到更多的研究領域。以下內容來自此& ldquo升級版本& rdquo高-C技術的一些測量數據:
樣本要求。
樣本類型:細胞(人、小鼠或其他物種)。
文庫構建初始量:100,000個交聯細胞樣品/文庫(約3ug DNA)。
測序平臺:Illumina Hiseq X TEN,PE150。
測得的小數據結果。
10余個人鼠細胞樣本經過多輪測試,小數據評估結果顯示,可用于分析的效度(%)在60%以上,最高為83%。
(1)某些人體細胞樣本的結果顯示。
(2)一些小鼠細胞樣本的結果顯示。
測量的大數據結果。
隨機測試2個人體細胞樣本的大數據,分別統計大數據的有效比對率和有效數據率,符合分析要求。結果如下:
(1)有效比較率統計。
(2)有效數據率統計。
交互式熱圖結果顯示。
分析小數據結果的交互熱圖。如下圖所示,顯示全基因組Hi-C的交互熱圖。
仍在升級Hi-C技術。
Anuo Gene于2015年初在國內率先推出動物種群Hi-C和單細胞Hi-C測序服務,隨后將人類染色體三維構象分辨率提升至1kb級別;同年12月,公司在國內首次推出了植物Hi-C測序服務。
四年來,隨著技術的不斷提高,很多科學家利用Anuo基因的Hi-C技術發表了自己的研究成果。公司與法國居里研究所、中國農業大學、中國科學院動物研究所、西南大學、南京醫科大學等科研院所達成深度合作,部分成果在《自然》、《分子植物》、《自然通訊》、《基因組生物學》等期刊發表,累計of 97.19。
Anuo基因表明,10萬個細胞的產業化是微細胞Hi-C研發計劃的關鍵進展,但這還遠未達到終點,持續降低Hi-C初始量的研發仍在繼續。Hi-C技術的進一步升級將擴大其應用范圍和用戶,有助于克服生命科學領域更多未解決的問題。