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甲氨喋呤注射液若服用過量，大劑量的甲氨蝶呤成分選擇性差，除對腫瘤細胞有殺傷作用外，對增殖旺盛的細胞也有毒性作用，常見的甲氨喋呤注射液副作用有骨髓抑制、黏膜炎、發熱、肝腎功能損害等。
甲氨喋呤注射液副作用中，分類為：1.胃腸道反應，包括口腔炎、口唇潰瘍、惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等，食欲減退常見，偶見偽膜性或出血性腸炎；2.長期小劑量可導致明顯骨髓抑制，貧血和血小板下降而伴皮膚或內臟出血；3.大劑量應用時,可出現血尿、蛋白尿、尿少、氮質血癥甚或尿毒癥；4.脫發、皮膚發紅、瘙癢或皮疹，白細胞低下時可并發感染；5.肝功能損害，包括黃疸、丙氨酸氨基轉移酶、堿性磷酸酶，γ－谷氨酰轉肽酶等增高；6.長期用藥可引起咳嗽、氣短、肺炎或肺纖維化。
甲氨喋呤注射液用于各型急性白血病，而隨著分子生物學技術的發展，白血病的病因學已從群體醫學、細胞生物學進入分子生物學的研究。盡管許多因素被認為和白血病發生有關，但人類白血病的確切病因至今未明。目前在白血病的發病原因方面，仍然認為與感染，放射因素，化學因素，遺傳因素有關。
溫馨提醒：甲氨喋呤注射液的致突變性、致畸性和致癌性較烷化劑為輕，但長期服用后，有潛在的導致繼發性腫瘤的危險；對于全身極度衰竭、惡液質或并發感染及心、肺、肝、腎功能不全時，禁用甲氨喋呤注射液。
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