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環孢素的不良反應通常與劑量相關，降低劑量即可減輕。不良反應發生的范圍通常在所有適應癥的患者中相同，但嚴重程度和發生頻率存在差異。由于器官移植受者的起始劑量較高，應用時間較長，故相比其它適應癥患者，在他們中發生不良反應的機會較多且較嚴重。那么，服用環孢素軟膠囊對身體有什么副作用?
腎臟
在治療的最初幾周內可以出現血漿肌酐和尿素氨水平的增高，這是最常見和最嚴重的不良反應。這些腎臟功能的改變是劑量依賴性的并且是可逆的，當劑量減少時，會恢復。因為存在腎臟衰竭的危險性，因此在使用環孢素軟膠囊時要密切檢測腎臟功能。長期使用的腎移植患者，環孢素可以導致腎臟的的結構性改變(如間質纖維化)，這需要與慢性排斥反應相鑒別。
在一些病人中，環孢素誘導的腎臟功能紊亂會被同時出現的腎病綜合癥的癥狀和體征掩蓋。因此，少數患者雖然出現了腎臟結構的改變但是卻沒有明顯的血肌酐水平的增高。所以，在長期(如超過一年)應用環孢素的腎病綜合癥的患者，推薦進行腎活檢。
心血管系統
環孢素軟膠囊可以導致劑量相關性的，可逆的血漿膽紅素和肝酶的明顯的升高，需要減藥。應該密切監測肝臟功能以防肝功能衰竭。
代謝/生化(也可參見“腎臟”和“肝和胃腸道”部分)
在腎功能明顯改變的患者建議監測血鉀濃度。低鎂血癥也是腎(小管)功能紊亂的表現。在圍手術期和出現神經系統癥狀時，要監測血鎂濃度。必要時補充。
免疫系統
和其他免疫抑制劑一樣。環孢素軟膠囊可以增加淋巴細胞增生性疾病和惡性腫瘤的發生率(特別是皮膚)。發生的頻率取決于免疫抑制的程度和持續的時間，而與免疫抑制劑的種類無關。長期使用環孢素軟膠囊的病人應該密切監測，特別是合用幾種大劑量免疫抑制劑時。因為這樣有可能導致嚴重的淋巴增生性疾病和實體瘤，可能使得預后很差。在一些銀屑病的患者中使用環孢素會出現良性的淋巴增生性疾病和B細胞T細胞淋巴瘤，立即停藥即可消失。
和其他免疫抑制劑一樣，在使用環孢素軟膠囊治療的過程中，細菌，寄生蟲，病毒和真菌感染的發生危險增加，常為機會病原體。由于這種感染證明為致命的，因此，需要相應的預防和治療措施。這在幾種免疫抑制藥物合并長期使用的時候尤為重要。
其他
少見：水腫，可逆性的月經失調，停經。個別葡萄膜炎患者發生眼和其它部位的出血
罕見：高熱，男子女性型乳房，潮熱
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