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注射澤菲(注射用鹽酸吉西他濱)的副作用有：
一、血液系統：
由于澤菲(注射用鹽酸吉西他濱)具有骨髓抑制作用，因此應用澤菲(注射用鹽酸吉西他濱)后可出現貧血、白細胞降低和血小板減少。骨髓抑制常常為輕到中度，多為中性粒細胞減少。血小板減少也比較常見。
二、消化系統：
約2/3的病人發生肝臟氨基轉移酶的異常，但多為輕度，非進行性損害，無需停藥。 肝功能受損的病人使用澤菲(注射用鹽酸吉西他濱)應特別警慎。據報道，約1/3的病人出現惡心和嘔吐反應，20%的病人需藥物治療，極少是劑量限制性毒性，并且很容易用抗嘔吐藥物控制。
三、腎臟：
近一半的病人用澤菲(注射用鹽酸吉西他濱)后可出現輕度蛋白尿和血尿，但極少伴有臨床癥狀和血清肌酐與尿素氮的變化，然而，報告有部分病例出現不明原因的腎衰。因此，對于已有腎功能損害的病人，使用澤菲(注射用鹽酸吉西他濱)應特別謹慎。
四、過敏：
約25%的病人使用澤菲(注射用鹽酸吉西他濱)后可有皮疹，10%的病人可出現瘙癢，通常皮疹輕度，非劑量限制性毒性，局部治療有效，極少報道有脫皮，水泡和潰瘍。 滴注澤菲(注射用鹽酸吉西他濱)過程中，不到1%的病人可發生支氣管痙攣，痙攣一般為輕度，且持續短暫，但可能需要胃腸道外的給藥治療，已知對澤菲(注射用鹽酸吉西他濱)高度敏感的病人應嚴禁使用。
有報告約10%的病人在用藥后數小時內發生呼吸困難，這種呼吸困難常常持續短暫、癥狀輕，幾乎很少需要調整劑量，大多無需特殊治療，其發病機制不清，與吉西他濱的關系也不清楚。
五、其他：
大約20%的病人有類似于流感的表現，大多癥狀較輕，短暫，且為非劑量限制性，僅1.5%的病 人表現較重，發熱、頭痛、背痛、寒戰、肌痛、乏力和厭食是最常見的癥狀，咳嗽、鼻炎、不適、出汗和失眠也有發生。有些僅表現為發熱和乏力。此類癥狀的發病 機制尚不清楚，有報告證實水楊酸類藥物可減輕癥狀。水腫/周圍性水腫的發生率約為30%，部分病人可出現面部水腫。肺水腫的發生率約1%。水腫/周圍性水 腫常常由輕到中度、幾乎不影響用藥劑量，部分病人伴有局部疼痛、停止用藥后常自行逆轉。引起這種毒性的機制尚不清楚，沒任何證據表明與心臟、 肝、腎功能受損有關。
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