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黃連上清丸和牛黃上清丸都是清熱瀉火類中成藥，都有散風止痛的作用，但是，黃連上清丸和牛黃上清丸在某些方面還是有區別的。
首先，從成份來看，黃連上清丸是由黃連、梔子(姜制)、連翹、蔓荊子(炒)、防風、荊芥穗、白芷、黃芩、菊花、薄荷、酒大黃、黃柏(酒炒)、桔梗、川芎、石膏、旋覆花、甘草組成。牛黃上清丸的主要成分則為牛黃、薄荷、菊花、荊芥穗、白芷、川芎、梔子、黃連、黃柏、黃芩、大黃、連翹、赤芍、當歸、地黃、桔梗、甘草、石膏、冰片。
其次，在功效方面還是有有些細微的差別。黃連上清丸偏重于治療風熱所致的諸癥，而牛黃上清丸則清熱解毒的功效更勝一籌。
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