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新冠肺炎核酸檢測是新冠肺炎診斷的主要依據。新冠肺炎核酸檢測方法包括熒光PCR和等溫擴增。其中，熒光PCR法在實驗室中的應用最為廣泛，而新冠肺炎核酸檢測，從接收樣本開始，包括新冠肺炎試劑的配置、核酸的提取、產物的擴增和結果的分析。
檢測時間需要4-6小時。檢測靶標主要是新冠肺炎開放閱讀框1ab和衣殼蛋白n，目前新冠肺炎的核酸檢測主要基于雙靶標，單靶標試劑較少。新冠肺炎核酸檢測是目前實驗室診斷中最敏感、最特異的檢測方法，被稱為實驗室檢測的金標準。
