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然后，呼吸系統，主要是肺部，是新冠肺炎感染后的主要受損器官，其他系統也會受到影響。目前據觀察統計，大部分患者預后良好，無明顯后遺癥。但是每個人的基本身體狀況和疾病的嚴重程度不同，導致損傷范圍和恢復能力不同，恢復速度也不同，所以有些患者可能會有一定的后遺癥，比如肺纖維化到一定程度后出現嚴重的肺損傷和修復。
如果肺部基礎狀況良好，肺功能可以得到補償，那么通常沒有明顯的表現。嚴重的纖維化和肺基礎差可能引起呼吸功能下降，表現為運動后氣短乏力。ⅰ型危重患者導致器官衰竭，經搶救和改善后，也可能留下相應的器官功能衰退。例如，如果肢體缺血和壞死是由血栓形成引起的，則可以留下肢體殘疾。
另外，目前有報道部分患者有嗅覺和味覺功能，短時間內無法恢復。而且，新冠肺炎畢竟是一種新型傳染病，其病理生理和臨床表現的長期影響目前還不是特別清楚。隨著我們研究的深入，至于是否有新的表現和后遺癥，將在未來的科學中得到進一步的驗證。
